根腐れは、地中の根毛が酸欠や病原菌によって壊死することから始まります。しかし、根が死んだ直後であっても、地上部の茎肉には水分が蓄えられているため、見た目には変化が現れません。栽培者が異常に気づいた時点では、すでに腐敗が地下部から地上部へと這い上がっている場合がほとんどです。
最も確実な判定方法は、清潔な綿棒やピンセットの腹を使って、株の根元（土と接する地際部分）を軽く押してみることです。健康なサボテンであれば、硬質な弾力があり指を跳ね返します。これに対し、組織内部が壊死している場合はブヨブヨ・軟化した頼りない感触になり、酷い時には表皮の下で液体が動くような感覚すら伝わってきます。
視覚的な変化も見逃せません。最初に現れるのは変色（黒・茶・黄色）です。緑色だった表皮が、根元から透き通るような黄色に変わり、やがて濁った茶色、最後には黒褐色へと沈んでいきます。黄色く透けている段階は組織が水分過多で破裂寸前になっている状態であり、黒変は嫌気性細菌による腐敗が完了したことを示しています。
さらに嗅覚による確認も有効です。鉢に顔を近づけた際、森の土のような匂いではなく、ドブ川のような腐敗臭や酸っぱい発酵臭、明らかな異臭・カビ臭が立ち上っている場合、鉢内環境は完全に崩壊しています。これらの兆候が1つでも重なっているなら、一刻の猶予もありません。
