ターミナル駅直結店であるため、ピーク時の混雑は避けられない。特に会員全品10%オフとなる「無印良品週間」期間中の土日祝日は、13:00から16:00にかけてレジ待機列がフロア奥まで伸びるケースが散見される。平日は夕方の通勤ラッシュ時（17:30〜19:00）に学生やビジネスパーソンのレジ利用が集中する。
混雑を完全に回避する黄金時間帯は、開店直後の10:00〜11:30、またはディナータイム以降の19:00〜20:00である。通路の占有率が下がり、欠品補充が完了した直後の棚から商品をスムーズに選定できる。
混雑期に最も実用的なソリューションが、公式アプリ「MUJI passport」またはネットストア経由の「店舗受け取りサービス」だ。事前に商品をオンラインで決済または注文確保しておけば、店舗奥のサービスカウンターで受け取るだけで完了する。送料を0円に抑えられるうえ、店頭での在庫探索やレジ待機時間を極限まで削減できる。
