近江兄弟社高校の受験難易度は、志望するコースによって大きく異なります。国公立大学や難関私立大学の一般選抜を目指す「アーツサイエンスクラス」は偏差値55, 58程度が合格圏の目安です。一方、国際理解教育や実践的なコミュニケーション力に重きを置く「グローバルクラス」や、部活動と学業の両立を狙うコースは44, 48近辺に位置しています。
滋賀県内の私立高校入試において、同校は「専願」と「併願」で合格ボーダーラインに一定の傾斜が設けられています。公立トップ校（膳所高校、彦根東高校、石山高校など）の併願校としてアーツサイエンスを受験する場合、滋賀県統一テストや実力テストで350点以上を維持することが安全圏への目安です。専願受験の場合は内申点（調査書）の加点や優遇措置が機能するため、ボーダーは実質的に下がります。
近江兄弟社中学校の受験倍率はおおむね1.1, 1.3倍前後で推移しています。中高一貫の先取りカリキュラムと、高校募集枠の生徒が合流する柔軟なカリキュラム編成が特徴です。地元近江八幡市だけでなく、草津市、大津市、さらには彦根市周辺からもJR琵琶湖線を利用して通学する生徒が年々増えています。
