交通アクセスの途絶は、当然ながらフライトスケジュールにも重大な影響を与えた。日本航空（JAL）や全日空（ANA）などの主要キャリア各社は、地上アクセスの深刻な混乱を鑑み、新千歳空港発着便を対象に「ノーショー（無断不搭乗）ペナルティの免除」や「後続便・翌日便への無手数料振替」といった特別対応を順次決定した。
しかし、問題はその情報が現地で立ち往生する利用客へ届く速度だった。空港ターミナルのチェックインカウンターには長蛇の列ができ、変更手続きを求める利用客で電話窓口やアプリサーバーは混雑。SNS上では「JRが動かないから乗れないのか、フライト自体が遅延しているのか分からない」という悲鳴が交錯した。航空会社側が搭乗締め切りを通常より15〜30分延長する措置を講じた便もあったが、アンダーパス冠水による大渋滞に巻き込まれた旅行者の多くが間に合わず、旅程の再考を余儀なくされた。
